רקע היסטורי
רוב מגילות מדבר יהודה נכתבו בין המאה הב' לפני הספירה למאה הב' לספירה. במהלך תקופה זו נאבקו זרמים שונים ביהדות על מעמדם בהנהגה הפוליטית והדתית. מגילות מדבר יהודה הן מקור מידע ראשוני חשוב להארת סוגיות היסטוריות אלו ולחקר מערכת היחסים בין היהודים לעולם הסובב אותם בימי הבית השני.
הטקסטים במגילות משקפים את מגוון הזרמים היהודיים ואת מורכבות הפילוסופיה היהודית בימי הבית השני. הם שינו לאין ערוך את הבנתנו את העולם שממנו צמחו היהדות הרבנית והנצרות הקדומה. אמנם, טקסטים נוצריים וספרות רבנית לא נמצאו במכלול כתבי-היד העתיקים הללו, אולם המגילות משקפות רעיונות ומנהגים רבים שמופיעים בכתבים יהודיים ונוצריים מאוחרים יותר.
לפני גילוין של מגילות מדבר יהודה, נתפסה החברה היהודית של ימי הבית השני כחברה אחידה. תפיסה זו הסתמכה על פרשנות של תיאורים במקורות היסטוריים בני התקופה, למשל בכתבי יוספוס פלביוס (יוסף בן מתתיהו) ובכתביהם של היסטוריונים יוונים ורומים, בברית החדשה ובספרות חז"ל. בעקבות גילוין של המגילות התאפשרה בחינה מחודשת של תפיסה זו גם במקורות היסטוריים ודתיים אחרים, במיוחד בנושא הכיתות השונות ביהדות, ובהם הפרושים, הצדוקים והאיסיים.
המגילות מדגישות את ההבדלים המהותיים בין זרמים אלו, המתבטאים בשוני בתפיסות עולם ובמנהגים. נראה, שכל זרמי היהדות הקדומים התייחסו למקרא כמקור מרכזי בחשיבותו, אולם ייתכן שתפיסתם את כתבי הקודש לא הייתה אחידה. עם זאת, הטקסטים שאינם מקראיים מלמדים על הבדל מהותי באופן שבו הזרמים השונים פירשו את המקרא ופעלו על פיו. טקסטים אלו מעמיקים את הידע שלנו על פרשנות המקרא בעת הקדומה ועל השפעתם של אירועים היסטוריים על האמונה והמסורת. הטקסטים מלמדים על מחלוקות פילוסופיות בנושאים כגון מעמד בית המקדש והכהונה, קביעת לוח השנה ותפיסת העולם הבא. כמו כן, הטקסטים משקפים דיונים בענייני דיומא ובהלכה.
המחלוקות בין הכיתות התרחשו בתקופת שיא בהתרחבותן של האימפריות היוונית והרומית, בצל פלישות והתערבויות מבחוץ, החל מכיבושי אלכסנדר מוקדון ועד למרד בר כוכבא. מרבית המגילות נכתבו במהלך מאה שנות העצמאות היהודית תחת שלטונם של הכוהנים הגדולים משושלת בית חשמונאי. מתיחות פוליטית מבית ומחוץ הגבירה את האמונה שסוף העולם עומד בפתח. על רקע היסטורי זה נכתבו המגילות ונזרעו זרעיהן של הנצרות והיהדות הרבנית.