הקדמה
מאוסף מגילות מדבר יהודה מוכרים בעיקר כתבי הקודש העתיקים שנמצאו ב-11 המערות שליד חורבת קומראן. באתרים אחרים נתגלו בעיקר תעודות ומכתבים, שרובם נכתבו על פפירוס. אלה הוטמנו במערות על ידי פליטי מלחמות. חלק מהמגילות שרדו בשלמותן, אך מרובן נותרו אלפי קטעים של קלף ופפירוס.
מגילות מערות קומראן
המגילות ממערות קומראן נחשבות לספרות דתית רבת-חשיבות. הטקסטים נחלקים לשני סוגים: טקסטים "מקראיים", שתוכנם תואם את זה של הטקסטים בתנ"ך, וטקסטים "שאינם מקראיים", ובהם כתבי־יד דתיים שרווחו בימי הבית השני ואשר יש להם זיקה לטקסטים בתנ"ך. חלק מהטקסטים "שאינם מקראיים" נחשבים ל"כיתתיים", שכן הם מתארים אמונות ומנהגים של כיתות דתיות ייחודיות.
תאריכן של המגילות בין המאה הג' לפני הספירה למאה הא' לספירה, לפני חורבן בית המקדש השני (שנת 70 לספירה). מרבית המגילות כתובות בשפה העברית, חלקן כתובות בארמית ואחדות – ביוונית. המגילות עשויות ברובן מקלף, וחלקן – מפפירוס. רק מגילה אחת חרוטה על נחושת.
כתבי־יד מקראיים
כ-230 כתבי־יד שייכים לקבוצה המכונה "מגילות מקראיות". אלה העתקים של הטקסטים מהתנ"ך. כבר בימי הבית השני היה לטקסטים אלו מעמד מיוחד, והם נחשבו כדברי אלוהים חיים. יש עדויות לכך, שבזמן שהעתיקו את הטקסטים לא היה קובץ אחד מחייב של יצירות דתיות. הקובץ המקראי הקנוני התגבש רק בשלב מאוחר יותר בהיסטוריה.
בין המגילות המקראיות יש העתקים שלמים או חלקיים של כל ספרי המקרא, להוציא את מגילת אסתר. כ-12 מהמגילות המקראיות נכתבו בכתב עברי קדום האופייני לימי הבית הראשון ולא בכתב שהיה מקובל בימי הבית השני, זמן כתיבת הטקסטים.
רבים מהטקסטים המקראיים דומים מאוד לנוסח המסורה של המקרא, המתוארך למאה הז'-ח' לספירה והמשמש אף בימינו אנו. הדמיון בין הטקסטים מרשים מאוד, בעיקר אם מביאים בחשבון את העובדה שהמגילות ממערות קומראן קדומות בלמעלה מאלף שנה מהטקסטים המקראיים שהיו ידועים לנו עד לגילוין.
ברם, חלק מהמגילות המקראיות שונות מנוסח המסורה בלשון ובכתיב. תוספות או חוסרים בחלק מהטקסטים מלמדים על החירות שחשו הסופרים בשנותם את הטקסטים בעת שהעתיקו אותם.
כתבי־יד לא מקראיים
מגילות מערות קומראן משמרות קשת רחבה של כתבים שרווחו בימי הבית השני, ובהם ספרים חיצוניים, מזמורים ותפילות, ספרי חכמה, ספרות אפוקליפטית, לוחות שנה ועוד. חלק מהכתבים הללו היו מוכרים לפני גילוין של מגילות מדבר יהודה, שכן תרגומיהם נשתמרו מאז ימי הבית השני. כתבים אלו מכונים במחקר "פסאודו-אפיגרפיה", ובהם ספר היובלים שהיה מוכר בגרסות האתיופית והיוונית לפני שנמצא הנוסח העברי במערות קומראן. רבים מהטקסטים שאינם מקראיים לא היו מוכרים קודם לגילוים.
המכנה המשותף העיקרי למכלול החיבורים שנתגלו במערות קומראן הוא הדגש על חשיבותה העליונה של הדת.
החוקרים מסכימים שחלק מספרות זו היה מקובל על מגזרים רבים בחברה היהודית, שעה שיש חיבורים שמשקפים אמונות של כיתות מסוימות. לגבי היבטים רבים אחרים של טקסטים אלה אין הסכמה בקרב החוקרים, למשל: את השקפותיהם של איזה כיתות הם מייצגים? או מה הייתה מערכת היחסים בין הכיתות השונות?
כתבי־יד כיתתיים
כרבע מכתבי-היד שאינם מקראיים מכונים "כיתתיים". הם משקפים את חיי היומיום והערכים של קבוצה מסוימת. הטקסטים הללו מכילים פרשנות אסכטולוגית, יצירות אפוקליפטיות וליטורגיות, ותקנות לניהול חיי הקבוצה. בימים הראשונים של חקר המגילות יוחסו כל מגילות מערות קומראן לכת האיסיים – אחת משלוש הכיתות היהודיות המתוארות במקורות ההיסטוריים. לאחרונה, חלו שינויים בתפיסה זו, אולם חלק מהחוקרים עדיין מקשרים בין מגילות מדבר יהודה לכת האיסיים.
מגילות מאתרים אחרים
מגילות מדבר יהודה נחשפו גם מחוץ למערות קומראן, ותאריכן מימי הבית הראשון (המאה הח' לפני הספירה) עד המאה הי"א לספירה. לקבוצה זו של המגילות שייכים הפפירוסים השומרוניים מוואדי דליה, הכתובים בארמית (המאה הד' לפני הספירה) וכתבי-היד בערבית מח'ירבת מירד (הורקניה, המאות הז'–הח' לספירה). מרבית כתבי-היד הם טקסטים יהודיים שנכתבו בתקופה הרומית, חלקם נתגלה במצדה, ורובם מסמכים מימי מרד בר כוכבא, הכתובים בעברית, בארמית, בנבטית או ביוונית.
מערות בר כוכבא
במערות המפלט מימי מרד בר כוכבא נשתמרו מסמכים רבים שתכנם כלכלי, צבאי, משפטי או מנהלי, לצד טקסטים אישיים. כן נתגלו טקסטים דתיים, ובהם מגילות מקראיות. הטקסטים הללו הובאו למערות על ידי פליטים שנמלטו מן הצבא הרומי בימי מרד בר כוכבא (132–135 לספירה), ובהם עדויות לקשיים הכלכליים והאישיים שהפליטים ניצבו בפניהם. בטקסטים מהמערות יש התכתבות בין מנהיג המרד לפקודיו. ברוב הטקסטים מצוין תאריך כתיבתם, ולכן יש להם חשיבות רבה לחקר הארכיאולוגיה של התקופה הרומית (ימי המשנה והתלמוד).
המגילות המקראיות חשובות לחקר נוסח המקרא, שכן הן זהות לנוסח המסורה, ומכאן
שהתנ"ך התקבע עד המאה הב' לספירה. מבין הטקסטים הדתיים ראויים לציון טקסטים של
תפילין ושל מזוזה, וכן טקסט ספרותי ובו תפילה לציון ומגילה של התרי-עשר
ביוונית.