اللغة والخط
معظم المخطوطات من صحراء يهودا كتبت باللغة العبرية, إلا ان البعض منها كتب باللغة بالآرامية واليونانية, هنالك أيضا مجموعةصغيره كتبت باللغة العربية واللاتينية.
العبرية
تشمل مخطوطات صحراء يهودا المكتوبة باللغة العبرية على ما يلي: نصوص من التوراة, ونصوص ليست من التوراة ووثائق مثل سندات البيع والرسائل. يوجد على بعض من النصوص تاريخ كتابتها, إلا ان غالبيتها تم تحليلها بواسطة دراسة تطور الخط, وفي بعض الأحيان إستنادا الى تحاليل كربون 14. تشير هذه النصوص الى أهمية اللغة العبرية بمنطقة يهودا خلال العصور القديمة.
غالبة المخطوطات التي كتبت باللغة العبرية كانت قد خطت بالخط المربع (اليهودي) الذي كان شائعا, الذي يشبه الخط العبري في أيامنا. إلا ان هنالك بعض من نصوص قد خطت بالخط العبري القديم الذي كان مستعملا أبان فترة بيت الهيكل الأول. والمثير للأهتمام ان بعض الأسماء في النصوص المكتوبة بالخط المربع قد كتبت بالخط العبري القديم. كما ان البعض من لنصوص كتبت بالخط السري (اللغز أ, ب و ج) وهي طريقة تستعمل فيها إشارات ترمز الى حروف الابجدية العبرية. يستعمل الباحثون في بعض الأحيان المسطلح "عبرية قمران" وهو وصف لنمط معين من الكتابة العبرية الأدبية. هنالك مميزات خاصة لمجموعة من المخطوطات التي عثر عليها في قمران, مثلا أستعمال الكلمات الكاملة بدل احرف التهجية (مثل أهو"ي), والبعض الباحثون يعزون هذا النمط "لفئة أدباء قمران". الوثائق التي عثر عليها في كهوف اللاجئين في صحراء يهودا, كتبت بلغة عاميه وليست بالفصحى المميزه.
جزأ من المخطوطات التي عثر عليها في كهوف اللاجئين كانت في وضع صيانة سيئ والخط عليها لم يحفظ بشكل واضح لدرجة أنه من الصعب التحديد إذا ما كانت قد كتبت باللغة الآرامية او العبرية. بينما نجد مخطوطات أخرى من قمران, من بينها سفر أخنوخ وسفر طوبيا, وجدت مخطوطه باللغتين العبرية والآرامية.
الآرامية (والنبطية)
كانت اللغة الآرامية اللغة العالمية في الشرق القديم خلال فترة التوراة, ولا زالت هذه اللغة مستعمله عند فئات مسيحية معينة. غالبية المخطوطات المكتوبة بالآرامية, تماما مثل المخطوطات المكتوبة باللغة العبرية, خطت بالخط المربع. هنالك لهجات متنوعة بالغة الآرامية: الآرامية الملكية, آرامية يهودية لأرض إسرائيل, والآرامية النبطية والآرامية المسيحية في أرض إسرائيل.
الآرامية الملكية – استعملت هذه اللغة بين القرن السابع – الثالث ق.م, بالامكان تمييزها في التوراة في سفر عزرا ودانيال, وأيضا في مخطوطة البردي السامرية من وادي دالية.
آرامية يهودية لأرض إسرائيل – هذه اللغة استخدمت بين 200 ق.م الى 200 ميلادي, وكانت اللغة الرئيسية في يهودا خلال فترة المسيح وبداية الديانة المسيحية. بالاضافة الى ذلك تواجدت في مخطوطات صحراء يهودا لهجات ثانوية أدبية التي استعملت في البعض من نصوص التوراة او غير التوراة, مثل سفر التكوين الخارجي. اما في رسائل بار كوخبا ومخطوطات ورق البردي من القرن الثاني ميلادي, التي عثر عليها في مغارة الملجأ في صحراء يهودا فقد استخدمت لهجة مختلفه عن الآرامية اليهودية لأرض إسرائيل والتي تعكس اللغة التي كانت مستخدمه آنذاك.
الآرامية النبطية – استعملت هذه اللغة في مملكة الأنباط التي امتدت الى الشرق من يهودا والى الجنوب منها, ابتدأ من القرن الثالث ق.م. الآرامية النبطية قريبة جدا الى اللغة العربية وخاصة مفردات اللغة. نماذج لمخطوطات بهذه اللغة عثر عليها في وادي الخابات.
الآرامية المسيحية في أرض إسرائيل – نماذج لهذه اللغة نجدها في بعض المخطوطات من خربة الميرد.
اليونانية
النصوص من مخطوطات صحراء يهودا التي كتبت باللغة اليونانية, كتبت بنمط المعروف بأسم "كوينه", وهي اللهجة التي كانت شائعه في العالم الهيلاني والروماني وأيضا في العهد الجديد. تم التعرف على 27 مخطوطة في كهوف قمران والتي كتبت باللغة اليونانية, وفيها البعض من نصوص توراتية من مغارة رقم 4 و 19 ومخطوطة ورق البردي من الكهف رقم 7. تم التعرف على مخطوطات كتبت باللغة اليونانية على اوراق البردي مثل سفر الخروج ورسالة أرميا (نص من الأسفار الخارجية). هنالك بعض الباحثين الذين حاولو تفسيربعض النصوص وكأنها جزأ من سفر حانوخ, إلا انه لا يوجد اتفاق بين الباحثين على هذا الأفتراض. كذلك حاول الباحثون على نسب بعض هذه النصوص على كتابات من العهد الجديد إلا ان هذه المحاولات بائت بالفشل.
يعود عهد معظم المخطوطات التي كتبت باللغة اليونانية التي خطت على ورق البردي الى الفترة الرومانية. والتي عثر على معظمها في مغارة الملجاء خلال ثورة بار كوخبا (132 – 135 ميلادي). عثر في مسادا على مخطوطات من فترة الثورة الكبرى والتي يعود تاريخها الى الفترة قبل سقوط مسادا عام 74 ميلادي. في وادي الخابات حفظت بشكل ممتاز, ترجمة يونانية لمخطوطة الأثنى عشر, التي تم تحديد تاريخها الى القرن الأول ميلادي. ويشير بالذكر انه عثر في وادي المربعات على النص الشعري باللغة اليونانية.
اللاتينية
المخطوطات اللاتينية التي عثر عليها في مسادا كانت تابعة لجنود الرومان الذين تواجدوا بالموقع بعد السيطرة على الثورة عام 74 ميلادي. بين المخطوطات كانت قسيمة معاش لأحد الجنود, وسجل لادوات في المستشفى,و مقطع يشمل مقتطفات من فيرجيليوس, وأيضا سجل أسماء عبرية باللغة اليونانية واللغة اللاتينية. كذلك فأن المخطوطات المكتوبة باللاتينية والتي عثر عليها في وادي المربعات, تاريخها تحدد الى القرن الأول والثاني ميلادي.
العربية
عثر في خربة الميرد على أكثر من 100 مخطوطة كتبت باللغة العربية, غالبيتها تعود للقرن السابع والثامن ميلادي. هذه أكبر مجموعة من المخطوطات المكتوبة بالعربية والتي عثر عليها خارج مصر. إضافة الى ذلك, عثر في وادي المربعات على خمسة نصوص كتبت على الورق باللغة العربية, وتشمل على وصل, عقد بيع, وثلاث نصوص شعوذة من القرن العاشر ميلادي.